Mergenthau, dessen  Name - Aue des Mariahart - bedeutet, hat eine an Ereignissen reiche Vergangenheit hinter sich.

Man kann annehmen, dass die Gegend um das heutige Schloss schon in der Hallstattzeit (zwischen 1000 und 400 v. Chr.) besiedelt gewesen ist. Diese Annahme gründet sich auf Funde, die bei der Öffnung von uralten Grabhügeln gemacht wurden. Man fand Scherben von Graburnen, die Klinge eines Opfermessers und sonstige Gegenstände, die aus der Zeit von 700 bis 400 v. Chr. stammen. Die Römer hatten sich die Anhöhe zu Nutze gemacht, die einen weit ins Land reichenden Ausblick bietet und einen Wachturm oder ein Castrum erbaut, das dann bei der Ungarnschlacht auf dem Lechfelde 955 zerstört wurde.

Die später wieder neu erbaute Burg Mergenthau war bis 1185 im Besitz der Welfen, eines mächtigen Herrschergeschlechtes. Im letzten Jahr wurde sie Eigentum des Hochstiftes, d.h. der Kirche von Augsburg. Bischof Hartmann von Augsburg hielt sich von 1249-1263 in Mergenthau auf.

Im Jahr 1296 wurde Mergenthau im Streit Herzog Rudolfs v. Bayern mit der Stadt Augsburg und dem Bischof Wolfhart von Bayern unter derem Feldherrn Kunrad von Haltenberg eingenommen und am 9. Oktober 1296 zerstört.

Damals stand die Burg Mergenthau südlich vom jetzigen Schloss, im sogenannten Burgholz. Nachdem die Burg wieder aufgebaut worden war, wurde ihr das Dorf Kissing zugeteilt, so dass Burg und Dorf einen Besitz bildeten.
Nach einigen Jahrzehnten entstand zwischen der Stadt Augsburg und den Bayerischen Herzögen Stephan und Friedrich wieder ein Streit und in dessen Verlauf wurde Mergenthau am 20. Dezember 1373 abermals von den Bayern eingenommen und verbrannt. Nach dieser Zerstörung wurde die alte Burg nicht wieder aufgebaut.

Im Jahre 1602 hat dann Bischof Heinrich von Augsburg den Burgplatz und das Dorf Kissing dem Jesuitenorden überlassen. Damals bestand Mergenthau nur aus Ökonomiegebäuden.
Diese sind im 30 jährigen Krieg im Jahre 1646  von den Schweden zerstört worden.
Im Kriegsjahr 1703 musste Mergenthau wiederum große Zerstörungen an den  zwischenzeitlich wieder errichteten Ökonomiegebäuden erleiden.
Der Schaden in Mergenthau und in Kissing betrug 40.000 Gulden.

Um das Jahr 1714 erbaute der Jesuitenorden das heute noch vorhandene Schloss Mergenthau. Der Orden war Besitzer bis 1773. Danach folgten viele Jahre des Wechsels der Bewirtschafter, bis es am 11.07.1828 in den Besitz der Familie Samm überging und noch heute von der Familie geleitet wird.